כיום חושבים שכל קברי הצדיקים הידועים כיום הם מגילויי האר"י. אבל למרבה הפלא ההיפך הוא הנכון שרוב הקברים שלפי המסורת הם סבירים, ודוקא אלה שמגילויי האר"י אין אף קבר סביר ובקבר אחד הוא סותר פסוק מפורש, והוא, של יהוידע הכהן, שלפי האר"י קברו בצפת ולפי הפסוק (דברי הימים ב,כד,טז) קבור בירושלים. גם בניהו בן יהוידע שר צבאו של שלמה המלך שהיה מקבצאל שביהודה לא יתכן שיימצא קברו ליד צפת שבשבט נפתלי. גם רוב הקברים שלו הם מאלו שנזכרו בזוהר שהם שמות אמוראים שמיוחסים לתלמידי רבי שמעון בר יוחאי וכבר כתב הרמ"ק (בהגהותיו על הזוהר שמות קמט:) שמקשה על הזוהר הכותב שהתכלת נמצא בימא דגינוסר שבתחום חלק זבולון וכידוע שהתכלת בים הגדול והכנרת בחלק נפתלי, ומתרץ, שכל מה שכתוב בזוהר אינו כמשמעות הדברים אלא "ספירות" הם. וממילא גם כל השמות שמוזכר שם אינם בני אדם של ממש. כך שגם כל הקברים שלו כך.
ורק הקברים שבמסורת כמו של רבי שמעון בן יוחאי במירון שכן מבואר בגמרא (בבא מציעא פד:) וקבר רבי מאיר בטבריא יש בתלמוד ירושלמי (סוטה א,ד) שהיה רבי מאיר דורש בכל ליל שבת בבית הכנסת של חמתן והיא נמצא ממש מתחת לקברו כיום.

